Profilierte Schwerpunkte der Gemeindearbeit sind
- die vielfältigen Gottesdienstformen
- die Kirchenmusik
- die Arbeit mit Kindern und Jugendlichen
- die Arbeit mit jüngeren und älteren Erwachsenen
- die Seelsorge
Das Besondere: Eine zweiphasige Konfirmandenzeit in der 4. und 8. Klasse wird durch unterrichtende Konfirmandeneltern und durch viele jugendliche Teamerinnen und Teamer bereichert. Seit 2009 finanziert die Gemeinde ihren Jugenddiakon aus eigenen Spendenmitteln. Dafür engagieren sich viele Gemeindeglieder in einem Kreis Freunde für St. Johannis und der Johannis-Stiftung. Auf Stadtebene kooperiert St. Johannis mit der Kindertagesstätte St. Johannis, der Lutherkirchengemeinde (u.a. im Stadtkantorat, der Ev. Jugendarbeit) sowie mit Heilig Geist Wolterdingen. Die St. Johanniskirche ist eine verlässlich geöffnete Kirche. Sie beherbergt zugleich alle Gemeinderäume "unter einem Dach".